La Magdalena, hacia 1501, está considerada como una obra maestra del Manuelino portugués, pudiéndose apreciar a simple vista elementos del gótico y del mudejar, además de los propiamente renacentistas.
El Manuelino aporta características propias que están presentes en la Iglesia de la Magdalena, cómo son sus majestuosas columnas torsas, los motivos decorativos relacionados con el mar y con la esfera terráquea, la fachada y el espectacular arco toral de la capilla mayor.
Presenta asimismo retablos de talla dorada del XVIII, retablos neoclásicos en mármol de colores y azulejería historiada.
En 2012 La Magdalena fue elegida el mejor rincon artistico de España por la Guia Repsol, por su singularidad y belleza.
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