Estando en Bilbao, Francisco se fue a nadar con unos amigos pero llevado por la corriente, este desapareció y no se volvió a saber más de él. Solo cinco años después, en 1679, se afirmó que había aparecido en la costa de Dinamarca, poco después en el canal de la Mancha y en las costas de Andalucía. En Cádiz, unos pescadores afirmaron ver un ser acuático pero con apariencia humana que desapareció rápidamente. Esta aparición se repitió constantemente hasta atrapar a la criatura con trozos de pan y unas redes. Una vez capturado pudieron constatar que se trataba de un hombre, con escamas y forma de pez.
Entonces fue llevado al convento de San Francisco donde fue interrogado para saber de quién se trataba y al cabo de un tiempo consiguió tartamudear una palabra: "Liérganes". Nadie sabía que significaba, hasta que una persona de La Montaña que estaba trabajando en Cádiz, comentó que en La Montaña había un pueblo que se llamaba así.
A continuación, llegó la noticia a Liérganes para averiguar si había pasado algo extraño en los últimos años y desde Liérganes respondieron que únicamente se había registrado la desaparición de Francisco de la Vega, cinco años atrás. Entonces Juan Rosendo, un fraile del convento, acompañó a Francisco hasta Liérganes para comprobar si era cierto que era de allí y a la altura del Monte de la Dehesa, Francisco se adelantó y fue directamente hasta la casa de María de Casar, que rápidamente lo reconoció como su hijo.
Ya en casa de su madre, Francisco vivió tranquilo sin mostrar ningún interés por nada. Iba descalzo y a veces desnudo y no hablaba apenas. A veces estaba varios días sin comer pero no mostraba entusiasmo por nada. Se dedicaba a llevar cartas a poblaciones vecinas, e incluso a Santander, a donde llegó en una ocasión tras haber nadado desde Pedreña, entregando la carta mojada. Después de nueve años en casa de su madre, desapareció en el mar sin volver a saberse nada sobre él.
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