La Sala de Reliquias que contiene cuatro grupo de colecciones que van desde el año de la fundación del monasterio hasta el siglo XX.
Entre las numerosas piezas sobresale una caja hispanomusulmana de los siglos XI y XII de procedencia cordobesa; y el museo de la cilla o almacén, en el que se han instalado diversos retablos que existían en las iglesias, tallas, relieves y pinturas de singular interés.